今般、仙台市内で確認された新型コロナウイルス感染症患者の検体について、市衛生研究所でゲノム解析^※1を実施したところ、1名の検体からオミクロン株のBA.1系統とBA.2系統の組換え体^※2が確認されました。この組換え体が確認されたのは国内初となります。
この組換え体は、国立感染症研究所においてすでに確認されている組換え体系統には分類されず、病原性や感染性については現時点では不明です。現在、国立感染症研究所において、他自治体で同様の組換え体が確認されていないか確認を進め、病原性や感染性等について調査を行っています。

1　経過

• 3月31日　　変異株スクリーニング検査にて当該検体がBA.2系統疑いである事を確認
• 4月14日　　ゲノム解析を実施したところ、当該検体についてBA.1系統との結果が得られ、変異株スクリーニング検査との整合性が得られなかった
• 4月15日　　市衛生研究所にて当該検体のゲノム情報を詳細に確認したところ、BA.1系統とBA.2系統の組換え体である疑いが強まったことから、国立感染症研究所に確認を依頼したところ、XE系統とは異なるBA.1系統とBA.2系統の組換え体である旨報告を受けた
• 4月28日　　国立感染症研究所にて当該事案について公表予定

 

2　患者概要

患者概要

居住地	発症時期	発症前14日以内の海外滞在歴	不特定多数との濃厚接触
仙台市内	3月下旬	なし	なし

※これまでのところ、当該患者の接触者など周囲の方からの当該組換え体の検出は確認されていません。なお、当該患者の症状は重篤ではなく、すでに療養解除となっています。

※1　市衛生研究所におけるゲノム解析について
変異株の把握や感染経路の解明等に向け、市衛生研究所では新型コロナウイルス感染症陽性が確認された検体について次世代シーケンサー（NGS）により、新型コロナウイルス遺伝子の全領域について遺伝子配列の解析を行っています。

 

※2　組換え体について
2種あるいはそれ以上の同種または近縁ウイルス間で、遺伝子の一部が組換わったウイルスが生成される場合がある。新型コロナウイルスについても、異なる系統間の組換え体と考えられるウイルスが検出される事例が確認されています。